El proceso de administración de los riesgos institucionales se hace bajo la metodología dada por la DAFP.  En la administración de los riesgos deberán participar las personas que laboren en el BIF, de manera directa y activa, a través por ejemplo de la concertación personalizada.
El desarrollo de la metodología utilizada debe estar dirigida por los líderes de proceso, quienes serán responsables del mismo, contando con el acompañamiento de la oficina de apoyo de Control Interno.

El sistema de gestión por procesos del BIF obliga a que los funcionarios de área y sus servidores, participen activamente en aquellos procesos en que su gestión esté involucrada; de tal manera que se deben formular mapas de riesgo por proceso y a partir de ellos el Mapa de Riesgos Institucional.

Dentro de la administración de los riesgos, el desarrollo de esta etapa implica para cada proceso, establecer los factores internos y externos del riesgo, determinar las posibles causas internas y externas, establecer los efectos, definir el riesgo y consolidar la información en una matriz que permita visualizar la relación de dichos riesgos con los procesos institucionales.

Consolidada la información, se tramita ante la Dirección general para su aprobación y revisión y posterior divulgación.